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La microfaune est l’ensemble des organismes et animaux de taille microscopique qui vivent dans un milieu défini. On va parler de la microfaune du sol, du sable, de l’océan, de la mousse…
Ce terme s’applique aux organismes dont la taille est inférieure à 0,2 mm*. La microfaune du sol joue un rôle fondamental dans la formation de l’humus et donc dans sa fertilité, dans la protection des cultures et dans la dépollution des sols et de l’eau. Elle est présente pour la plupart des espèces qui la compose sur les premiers centimètres sous la surface. On peut trouver dans 1m2 de prairie environ 260 millions d’animaux. Les nématodes : ils sont extrêmement nombreux et abondants. Ils peuvent être microphytophages, saprophages, ou encore prédateurs. Ils sont fréquemment parasites des végétaux et forment des galles dans leurs racines (ce sont des kystes formés par ces organismes en cas de sécheresse.
Les nématodes sont alors en latence, ils peuvent “revenir à la vie” lorsque le taux d’hygrométrie redevient suffisant, même plusieurs années plus tard). On connaît le nématode doré, Heterodera rostochiensis, qui parasite les pommes de terre, les tomates, les aubergines.
La lutte biologique contre les nématodes se fait à l’aide de champignons qui en sont les prédateurs. Certains nématodes sont des auxiliaires, utilisés dans la lutte biologique contre des ravageurs : Heterorhabditis bacteriophora contre les vers blancs.
Les protozoaires, rotifères, tardigrades, amibes, …
Tous ces organismes interagissent avec leur milieu, en creusant des galeries, en se nourrissant des déchets ou d’autres organismes vivants. Par ces actions, ils aèrent le sol et augmentent donc sa perméabilité à l’eau, ils nourrissent les végétaux grâce à la décomposition de la matière organique et ils dispersent dans le sol tous les éléments. Certains ont également un rôle de stabilisateurs du sol.
La microfaune est étroitement liée à la microflore qui est composée des organismes dits eucaryotes (les organismes unicellulaires et pluricellulaires : champignons, protozoaires) ou procaryotes (sans noyau : bactéries et cyanobactéries) :
Les champignons : ce sont des organismes très variés. Les champignons saprophytes sont de grands destructeurs de la matière organique morte. Leur mycélium est important pour la fertilité des terres et pour la formation de l’humus. Certains d’entre eux sont des prédateurs de ravageurs ou sont antagonistes à des espèces parasites. Ils sont d’ailleurs utilisés dans les biopesticides. Par contre d’autres sont des agents pathogènes des plantes, comme de nombreux Oomycètes (qui ne sont pas totalement des champignons) responsables du mildiou.
Les symbioses mycorhiziennes sont fixatrices d’azote, ce qui est très utile pour les plantes dans un sol pauvre en cet élément indispensable.
Les bactéries : de nombreuses d’entre elles sont utiles, par exemple celles qui fixent l’azote et créent une symbiose avec les végétaux (les Rhizobium, les Frankia).
Les amendements apportés au sol offrent à l’ensemble microfaune/microflore de la nourriture qui va les stimuler : engrais verts, fumier, compost.
*Au sens littéral, microfaune désigne la faune visible au microscope. Mais au sens large, le terme peut être employé pour désigner une petite faune, les acariens et autres invertébrés en font donc partie dans ce sens.
À savoir : en plus de la microfaune, on trouve la mésofaune, organismes entre 0,2 et 4 mm (acariens, collemboles), la macrofaune, animaux entre 4 et 80 mm (vers de terre, larves d’insectes, insectes vivant dans le sol comme les araignées, les fourmis, les limaces, …), et enfin la mégafaune, animaux de plus de 10 cm (amphibiens, reptiles, mammifères). L’ensemble des animaux du sol se nomme la pédofaune.
